色々と、XREAのセーフモード対策のために「.htaccess」を書き換えてきましたがそれは書き換えるのではなく、書き加えるという事だったようで、このあたりで解る範囲で整理してみます。

現在僕の利用しているサーバーはXREAのCORESERVERです。
XREAのVALUE-DOMAINの上位プランなのですがVALUE-DOMAINとCORESERVERでは仕様が違う所があるのかも知れません。

WordePress日本語Codexに「セーフモードによる制限と対処方法」というページが参考になります。

僕が必要としているWordsPressで自動化したい機能は以下ですので
(1)画像等のファイルのアップロード
(2)プラグイン新規インストール
(3)WordsPress本体のアップグレード
(4)プラグインのアップデート
これを行うためにCORESERVERの「PHP を CGI モードで動かす」という事で「.htaccess」ファイルを作成、wp-admin/直下に配置すると言う事になります。

#ファイルのアップロード
<files async-upload.php>
AddHandler application/x-httpd-phpcgi .php
</files>

#プラグイン新規インストール
<files plugin-install.php>
AddHandler application/x-httpd-phpcgi .php
</files>
#WordsPress本体のアップグレード
<files update-core.php>
AddHandler application/x-httpd-phpcgi .php
</files>
#プラグインのアップデート
<files update.php>
AddHandler application/x-httpd-phpcgi .php
</files>

<files admin.php>
AddHandler application/x-httpd-phpcgi .php
</files>

<files options-general.php>
AddHandler application/x-httpd-phpcgi .php
</files>

上記fileを作成しますが「.htaccess」という名前で保存しようとすると

”.”（ドット）で始まる名前はシステム用に予約されています。
この操作を続行してドットで始まる名前を仕様すると、ファイルは非表示になります。

と表示され保存出来ません、そこでまず「htaccess.txt」という名前でデスクトップに保存し、wp-admin ディレクトリにアップロードしてから名前を「.htaccess」に変更します。

上記「.htaccess」のコードにはコメントが入っていますがこのままでコピペで利用出来ます。以上で「.htaccess」ファイルの設置は終了です。

画像等のファイルのアップロード方法については
WordPressの管理画面ダッシュボード→設定→その他の設定→アップロード
のアップロードするファイルの保存場所を「wp-content/uploads」とし、「アップロードしたファイルを年月ベースのフォルダに整理」にチェックを入れ設定を更新。

次に、サーバーに設置したWordPress内の「wp-content」配下に「uploads」ディレクトリを設置、その配下に「2008」年名のディレクトリを又、その配下に「04」月名と次の「05」月名のディレクトリを設置しそれらのディレクトリに書き込み権限パーミッションを（707）としました。

これで画像等のファイルのアップロードはスムースに行えます。

プラグインの自動アップグレードのついては「WordPressプラグインの自動アップグレード」に記述しています。

※WordPress日本語 Codex：セーフモードによる制限と対処方法