XHTML 1.0 Strictで「Valid」でなくなってしまいました。
プラグインCategory Orderを停止すればOKになるものの。これではカテゴリーの順序を自由に並べ替える事が出来ません。

Another HTML-lint でチェックすると

<div> を 150行目の <ul>～</ul> 内に書くことはできません。<div>～</div> 内に <ul> を書くことはできます。
<li> を 156行目の <div>～</div> 内に書くことはできません。<li>～</li> 内に <div> を書くことはできます。

　と指摘されます。ソースを見るとサイドバーのカテゴリーの部分の

<ul>
<div style="margin-top:0em;margin-bottom:0em;">
<div> <li class="cat-item cat-item-5"><a href="http://minobu.in/wp/archives/category/saisaku" title="[ぼくの制作室] に含まれる投稿をすべて表示">[ぼくの制作室]</a> (11) </li> </div>
</ul>

の<div>が問題のようです。
　しか〜し！でもこれはどこをどう修正すればいいのでしょう？。

WordPress2.71の時には無かったタグがWordPress2.8になって生成されているようです。

フォーラムに類似のMy Category Orderを使ってみては？とあったので使ってみたのですが、このプラグインはウィジェット対応なのですが僕の使用しているテーマ「koikikukan3」はウィジェットに対応していないため使えないようです。

　出来ました！、My Category Orderをウィジェットを使わずに表示するタグ。

list_cats() 、 wp_list_cats()は非推奨になります。という事でwp_list_categories を使用します。

My Category Order でカテゴリリストの並びを自由に変更するで「wp_list_cats(’sort_column=my_order’);のように、wp_list_catsにパラメータとして渡すsort_columnの値を、my_orderにしてやれば、このプラグインで設定した順番が使われる」とあったので

<?php wp_list_categories(’sort_column=my_order&orderby=order&optioncount=1&hide_empty=1&hierarchical=1&show_count=1&exclude=18,25,32,44&title_li=’); ?>

　をsidebar2.phpのカテゴリータグと入れ替えました。
　又、僕の場合は　ダッシュボード＞投稿＞My Category Order　に行くと
The file/public_html/wp/wp-includes/taxonomy.php is not writable.
You have 2 options:
1. Change the permissions on the file and click on My Category Order again to patch it automatically.
とのエラー表示が出たので/wp/wp-includes/taxonomy.phpのパーミッション644を707にする事で解決しました。（追記分です）

　な！事をいっていて「サイドバーのカスタマイズ(1) 新着記事、カテゴリー内記事一覧、カテゴリーリスト」のウィジェットとマニュアル編集についての記事を見つけました。

この辺はウィジェットに対応していないテーマの修正を行うかどうかの考えどころです。

　いやー！僕の能力が足りないだけの問題だと思っていましたが「ウィジェットに対応していないテーマの修正」さんがご丁寧にコメントを下さいました、きっと優しい方だと思います、「ウィジェットに対応」出来ない人の事も思いやって下さるなんて、ほとんど孤独な作業の僕に取ってはとても勇気づけられました、本当に有り難うございます、そしてよろしくお願い致します。